Parafia Januszkowice została wydzielona z Parafii Brzostek i erygowana w 1967 r. Od 1837 r. istniała w Januszkowicach kaplica dworska pod wezwaniem św. Ludwika. W 1948 r. bp Franciszek Barda, Biskup Przemyski, zamierzał ustanowić samodzielną placówkę. Erygował ją dopiero w 1967 r. bp Ignacy Tokarczuk. Pierwszym duszpasterzem został mianowany ks. Franciszek Podolski, który wraz z parafianami starał się o pozwolenie na rozbudowę kościoła, otrzymał pozwolenie na rozbudowę zakrystii. 22.07.1971 r. przybył następny duszpasterz ks. Tadeusz Preis. Ze względu na zły stan techniczny kaplicy zrezygnowano z budowy zakrystii, a zaczęto się starać o kapitalny remont wraz z rozbudową, a w końcu na budowę nowego kościoła. W między czasie pozwolono na budowę domu dla księdza ekspozyta, który wybudowano w latach 1975-76 r. W końcu uzyskano pozwolenie na budowę kościoła w 1980 r. Komitet Budowy Kościoła pod kierownictwem ks. proboszcza wybrał projekt inż. Romana Łomnickiego z Krakowa. Budowę rozpoczęto systemem gospodarczym w 1980 r. Dolny Kościół poświęcił 06.12.1981 r. bp Tadeusz Błaszkiewicz. Ze względu na istniejący kult Miłosierdzia Bożego został dedykowany Miłosierdziu Bożego. Budowę finansowali parafianie z pomocą kilku parafii archiprezbiteratu jasielskiego i sprzedaży 5ha pola plebańskiego. 01.06.1984 r. bp Ignacy Tokarczuk dokonał konsekracji kościoła górnego pod wezwaniem Zwiastowania N.M.P. Walącą się kaplicę zabytkową za zezwoleniem konserwatora wojewódzkiego z Tarnowa przeniesiono na teren nowo powstałego cmentarza oddalonego około 200 m. od nowego kościoła na terenie wsi Opacionka.